Naczelna Rada Aptekarska (NRA) sprzeciwia się jednak włączeniu aptek do systemu kaucyjnego. Prezes Naczelnej Rady Aptekarskiej Marek Tomków podkreśla, że apteka, mimo iż jest placówką detaliczną, pełni przede wszystkim funkcję ochrony zdrowia. Wskazuje też, że prawo farmaceutyczne nie przewiduje zwrotu żadnych produktów – nawet pełnowartościowych leków czy suplementów diety – a tym bardziej brudnych butelek czy opakowań po piwie. Zdaniem Tomkowa apteki, które będą zobowiązane do uczestnictwa w systemie, zrezygnują ze sprzedaży napojów objętych kaucją, co będzie najprostszym rozwiązaniem.
Według cytowanego przez DlaHandlu.pl dr. Wojciecha Rożdżeńskiego z Wydziału Prawa i Administracji UW, realne ryzyko pojawienia się w aptekach butelek po piwie jest minimalne, ponieważ placówki te nie mogą sprzedawać alkoholu. Zaznacza, że obowiązek uczestnictwa w systemie kaucyjnym dotyczyć będzie tylko aptek o powierzchni powyżej 200 m kw., a takich jest w Polsce bardzo niewiele. Podkreśla też, że kaucja nie obejmie opakowań po lekach ani wyrobach medycznych, których odbiór należy do obowiązków gmin.
Farmaceuci z całego kraju zainicjowali petycję do ministry klimatu i środowiska Pauliny Hennig-Kloski, domagając się wyłączenia aptek z systemu kaucyjnego. Autorką apelu jest farmaceutka ze Świebodzina, a do piątkowego popołudnia pod dokumentem podpisało się blisko 3 tys. osób. W piśmie podkreślono, że przyjmowanie brudnych butelek i puszek w miejscu przechowywania leków jest nie do pogodzenia z zasadami bezpieczeństwa zdrowotnego. Ministerstwo Klimatu i Środowiska zapowiedziało jednak, że nie planuje wyłączenia żadnych jednostek handlowych ani kategorii opakowań objętych nowymi przepisami.
