W wyniku przeprowadzonych kontroli prowadzące je wydziały NFZ stwierdziły nieprawidłowości w zakresie m.in.: danych niezbędnych do realizacji recept na leki refundowane dotyczących pacjenta, osoby wystawiającej receptę, świadczeniodawcy, przepisanych refundowanych leków oraz prawidłowej realizacji recepty przez osobę wydającą lek z apteki.
Kontrole wykazały, że w niektórych przypadkach leki wydawały osoby nieuprawnione lub z uprawnieniem, które nie zostało potwierdzone. W niektórych przypadkach okazało się, że wydano większą ilość leku niż wynikało to ze sposobu dawkowania w sytuacji, gdy nie określono wielkości opakowania. Wykryto też wydanie więcej niż dwóch najmniejszych refundowanych opakowań w sytuacji, gdy nie wpisano ilości leku lub wpisano błędne dawkowanie.
Do nieprawidłowości zaliczono też wydanie leków w ilości większej niż przepisana przez lekarza, wydanie leków w ilości przekraczającej 120-dniową kurację, wydanie leku na zniżkę przy odpłatności 100 proc. na recepcie czy wydanie leku z odpłatnością inną niż zaordynowana.
Okazało się także że apteki realizują recepty bez pełnych danych pacjenta albo pomimo braku oznaczenia identyfikatora płatnika oraz bez podpisu lub pieczątki lekarza. Zdarzały się też realizacje recept na druku innego lekarza niż ordynujący czy realizacja recepty na lek recepturowy po dacie ważności.
Apteki realizowały niekiedy recepty, wydając refundowane zamienniki za lek spoza wykazu leków refundowanych. Zdarzało się też, że recepty nie zawierały sposobu dawkowania dla leku gotowego, zawierającego w składzie substancję z wykazu A (substancje bardzo silnie działające). Kontrola wykazała również realizacje recept, w których dokonano niedozwolonych zmian w składzie leku lub takich, które nie zawierały autoryzacji naniesionych na recepcie poprawek.
Kontrolerzy wykazali, że niekiedy apteki stosowały inną marżę detalicznej niż wynikająca z ustawy lub nieprawidłową wycenę leku recepturowego (naliczono nieprawidłową odpłatność ryczałtową lub zawyżono cenę surowca). Zdarzały się też sytuacje wykorzystania leku gotowego niebędącego surowcem farmaceutycznym do sporządzenia leku recepturowego oraz sporządzenia leku recepturowego w terminie przekraczającym 48 godzin od przyjęcia recepty przez aptekę.
Aptekom zdarzało się też użyć przeterminowanego surowca farmaceutycznego do sporządzenia leku, wykonać lek recepturowy niezgodnie z treścią recepty czy błędnie wykonać leku recepturowy (brak warunków jałowych, mimo obecności w składzie leku antybiotyku lub wykonanie leku niejałowego w warunkach jałowych).
Inne nieprawidłowości to brak faktur zakupu leków, brak poinformowania OW NFZ o zmianach w ewidencji osób zatrudnionych w aptece oraz niedostarczenia recept do kontroli.
